Produit du centre de formation du Stade Rennais, le jeune Jonathan Bru, 21 ans, a signé un contrat de deux ans avec le FC Istres. Relégué en Ligue 2 à l’issue de l’exercice 2004-2005, le club istréen a échoué dans son objectif de remontée immédiate, et va tenter de jouer les premiers rôles en 2006-2007. Pour ce faire, les dirigeants istréens ont d’ores et déjà officialisé quatre transferts, dont celui de Jonathan Bru pour deux ans.
Né à Neuilly-sur-Seine, Jonathan Bru a d’abord intégré l’Institut national du football de Clairefontaine, avant de rejoindre le Stade Rennais à l’été 2001. Considéré à l’époque comme un très bon espoir du football français, il n’allait pas tarder à confirmer, puisqu’il fut l’un des éléments majeurs de l’équipe victorieuse de la Coupe Gambardella en 2003, titulaire au milieu de terrain.
La saison suivante, Laszlo Bölöni décide de donner leur chance à de nombreux jeunes, et Jonathan Bru en fait partie. Le milieu de terrain ne disputera que deux bouts de matches, l’un en tant que titulaire à Toulouse en huitièmes de finale de Coupe de France, et l’autre en tant que remplaçant à Guingamp en Ligue 1.
Lors des deux dernières saisons, Bru n’eut plus l’occasion de jouer en équipe première, et dû se contenter de matches de CFA, malgré un contrat professionnel signé en 2004. Il avait effectué un essai infructeux à Reims en début de saison.
Son frère Kévin évolue lui aussi au Stade Rennais et dans les équipes de France de jeunes.